在發酵行業運用消泡劑是必須的，而丙酮丁醇菌的分離與純化同樣需要丙酮丁醇菌消泡劑的協助，達到理想的效果。一、丙酮丁醇菌的分離與純化方法在土壤、細泥、糞便中及新鮮果實、蔬菜的表面上，均有丙酮丁醇菌存在。利用它的孢子的嫌氣性和耐熱性，并配合使用丙酮丁醇菌消泡劑，可以采用熱淘汰法和單細胞分離法，以獲得優良的菌種。由于丙酮、丁醇發酵時，易受雜菌侵染而導致酸敗，所以，丙酮丁醇工廠必須經常進行菌種的分離與純化工作，以保證正常生產。所謂熱淘汰法，即將含有丙酮丁醇菌的試樣接入5%的玉米醪試管內，再放在沸水浴中1-1.5 min，殺死不耐熱的雜菌和熱抵抗力較差的孢子，而保留對熱抵抗力較強的丙酮丁醇菌孢子，然后在嫌氣狀態下培養。培養液產生大量氣體，醪蓋上升，這時可轉接到新鮮培養基試管內，同法進行熱淘汰和嫌氣培養，如此反復多次，即可獲得較好的菌株。欲獲得純培養或者需從發酵醪中選取優良菌株，可用嫌氣平板進行單菌落分離。如用有明膠或碳酸鈣的培養基，則可能出現溶解圈。然后接入玉米醪中測定氣體產生量，醪蓋上升情況和丙酮產量。獲得的優良菌種用沙土管保存。二、丙酮丁醇菌擴大培養丙酮丁醇菌通過丙酮丁醇菌消泡劑進行擴大培養，可以得到優良的丙酮丁醇菌種。沙土孢子—試管—種子瓶—第一種母罐—第二種母罐—發酵罐。1．試管菌種的培養：選取優良菌種的砂土孢子1-2g，接入10ml5%濃度的玉米醪與丙酮丁醇菌消泡劑中，并將此管在100℃沸水中熱處理1-2 min，急速冷卻至37℃，然后置于真空干燥器內進行培養（2 666 Pa以下溫度保持在37-39℃）。2．種母瓶培養：將一支試管菌種接種到盛有5%濃度的玉米醪液的種母瓶中，在常壓下培養24h，即可接入第一種母瓶。一般丙酮丁醇菌孢子萌發時，要求嫌氣條件較高，營養體繁殖時，由于本身產生的H2和CO2與添加的丙酮丁醇菌消泡劑已能滿足嫌氣條件。3．第一種母罐：其中盛有6%濃度的玉米醪接入種母瓶的醪液，培養12-15h后，即可接入第二種母罐。4．第二種母罐：其中盛有8%濃度的玉米醪，接入第一種母罐醪液，培養20 h左右，然后將總量1／3～1/2送入發酵罐。
　制備種醪的方法有間歇調制種醪法，半連續調制種醪法，利用部分發酵醪制種醪法。本文參考《發酵微生物學》一書。