由于發酵代謝產物的多樣性和每一種代謝產物性質的多樣性，因而提取與精制生物發酵消泡劑與發酵產物的方法也是多種多樣的。但是，任何一種提取的方法，都是利用目的物與雜質特性上的差異，采用不同的方法和工藝路線，使目的物與雜質移于不同的相中而得到分離、濃縮及純化。通常目的物的分子量、結構、極性、兩性電解質性質，在各種溶劑中的溶解性、沸點以及對pH、溫度和溶劑等化學藥物的敏感性等都是決定分離、提取與精制的基本因素。生物發酵消泡劑及發酵液是否需要預處理和過濾是根據不同的方法需要而定的。一般說，發酵液預處理與過濾的目的主要有三種：其一是除去可溶性雜質。在生物發酵消泡劑及發酵液的雜質中，對提煉影響較大的是可溶性蛋白質、高價金屬離子和有機雜質等。如用離子交換法提煉時，蛋白質和高價金屬離子的存在會影響樹脂的吸附量；用溶媒萃取法提煉時，蛋白質存在會產生乳化，使溶媒相與水相分離困難；用鈣鹽法提取檸檬酸時，生物發酵消泡劑及發酵液中如有過量草酸存在，則會降低檸檬酸鈣鹽的純度；其二是由于發酵液中含殘糖，含植物油等消沫劑；或發酵周期過長，菌體自溶或發酵液染噬菌體后，使得核酸、蛋白質及其它粘性有機物質增多，粘性增強，都會給過濾造成困難；其三是有些發酵產物如胞內酶、核酸、蛋白質等是細胞內物質，需要先分離收集菌體細胞，并把細胞破碎后才能進一步提取。（一）發酵液的預處理1．蛋白質的沉淀：可用等電點法、熱沉淀和鹽析法。此外，還有采用加酒精、丙酮等有機溶劑使蛋白質變性沉淀。
　　2．高價金屬離子的沉淀：如加草酸或磷酸使生成草酸鈣或生成磷酸鈣、鎂沉淀，草酸鈣還能促進蛋白質的凝固。鐵離子加入黃血鹽，形成普魯士藍沉淀而除去。
　　3．有機雜質的沉淀：生物發酵消泡劑及發酵液中的有機雜酸（如葡萄糖酸、草酸和檸檬酸能與Ca²⁺，Mn²⁺和Zn²⁺等陽離子形成膠凝沉淀而充分清除，同時還能吸附包著大量鐵離子、色素等物質）。
　　4．細胞破碎：破壞細胞理想的方法是僅僅破壞微生物的細胞壁，而對所需產物無破壞作用。破碎細胞的方法很多，有化學法（堿或去污劑裂解、溶劑浸出法）、酶法、物理法（冷凍與加熱交替溶化法、加熱裂解法、滲透壓破裂法和超聲波破裂法）、機械法（振蕩摩擦法、磨碎法、格壓法）和脫水干燥法（溶劑干燥、氣流干燥和冷凍干燥）。（二）發酵液過濾發酵液的過濾特性受菌種、培養基成分和發酵狀況等多種因素制約。菌種中細菌過濾最難；其次是放線菌。過濾速度還隨殘糖、消泡油、菌絲自溶、生物發酵消泡劑及發酵液染菌膠粘物質增加而降低。改善過濾性能的方法是加入一些反應劑或助濾劑。助濾劑是一種不可壓縮的多孔微粒，其作用在于形成一層極為微密的濾層，截留懸浮物質，隔離了可壓縮的膠體物質與過濾介質的直接接觸，保證了過濾作業的順利進行。工業上使用的助濾劑是硅藻土（硅酸鹽粉末）、珍珠巖粉、活性炭、紙漿等。加入反應劑的目的在于它們相互作用或和某些可溶性鹽類發生反應生成不溶性沉淀，其沉淀能防止菌絲粘接成塊狀，沉淀本身也可作助濾劑。例岔口，發酵液中加入磷酸氫二鈉和氯化鈣，形成磷酸三鈣沉淀，這種新生的磷酸鈣鹽有較大的吸附表面，能將菌體及其它懸浮的粒子相互凝聚而沉降。本文參考《發酵微生物學》一書。