根據來源，可分為天然、合成和半合成培養基。天然培養基是利用動、植物或微生物體或其提取物制成培養基，化學成分還不清楚，較復雜。如培養各種細菌所用的牛肉膏蛋白胨培養基，培養酵母菌麥芽汁培養基等。天然培養基優點是取材方使、營養豐富、種類多樣、配制方便、成本低廉；缺點是成分不穩定。因此，天然培養基十分適合配制大生產中種子培養基之用。常用天然有機營養物質包括牛奶、血清、蛋白胨、豆芽汁、玉米漿、牛肉浸膏、酵母浸膏、麩皮水解液、胡蘿卜汁、椰子汁等。半合成培養基為既含有天然成分又含有純化學試劑的培養基。如培養真菌用馬鈴薯蔗糖培養基等。嚴格講，凡含有未經特殊處理瓊脂的任何合成培養基，實質上都只能看作是一種半合成培養基。合成培養基是用化學成分明確物質配制而成的培養基。如培養細菌的葡萄糖銨鹽培養基，培養放線茵高氏一號培養基，培養真菌的察氏培養基等。合成培養基優點是成分精確、重演性高；缺點是價格較貴、配制煩瑣。因此，一般僅用于實驗室進行生物量測定、菌種選育及遺傳分析等方面工作。根據培養基外觀的物理狀態可分為固體、液體和半固體培養基固體培養基在科學研究和生產實踐上具有廣闊的用途，可用于菌種的分離和鑒定、檢驗雜菌、選種育種、菌種擴大培養、菌種保藏以及抗生素等生物活性物質的生物測定等。固體培養基是在液體培養基中加入一定量的凝固劑，使其成為固體狀態。除此之外，一些由天然固體基質制成的培養基也屬于固體培養基。如由小米、麩皮、米糠等制成固體狀態培養基。半周體培養基是凝固劑含量較少的一種培養基，常用來觀察傲慢物的運動特征、噬菌體效價滴定等。液體培養基是未加任何凝固劑呈液體狀態的培養基。在用液體培養基培養微生物時，通過振蕩或攪拌可增加培養基的通氣量，同時使營養物質分布均勻。它在發酵工業中應用極其廣泛，如在搖瓶種子擴大培養、種子罐種子擴大培養時一般都采用液體培養基。按培養基的功能來分可分為孢子和種子培養基生產上常用的培養基包括麩皮培養基、小米培養基、大米培養基，玉米培養基及用葡萄糖、蛋白胨、牛肉膏和氯化鈉配制的瓊脂斜斷培養基。孢子培養基配制的目的是供菌種繁殖孢子的，常采用的是固體培養基。對這類培養基的要求是能使菌體生長迅速，產生數量多而且優質的孢子，并且不會引起菌種變異。為達到這一目的，必須創造有利于孢子形成的環境條件。麩皮、小米等一類物質含的碳、氮源最并不豐富，但含有生長素和微量元素，有利于孢子的大量形成。種子培養基是供孢子發芽、菌體繁殖的。要求營養相對豐富、完全，并要考慮能夠維持穩定的pH。最后一級種子培養基組成成分應該較接近發酵培養基，以使種子進入發酵培養基后，能迅速適應發酵環境，快速生長。本文參考《發酵工程原理與技術》一書。