有些微生物的商品對發作菌的挑選漫有直接的挑選性指示作用，因而常選用隨機別離法進行別離。某些重要的生物活性物質發作菌的別離辦法如下：抗生素發作菌的別離雖然已發現了許多的抗生素，而且也展開了多種抗生素的半組成出產，但新的抗生素的發現依然極具吸引力。挑選抗生素發作菌的辦法包含抑菌圈法、稀釋法、松散法、生物自顯影法等。在這些辦法中，實驗菌的挑選是成功的要害，它直接與檢出的活絡性、抗生素的活性和抗菌譜有關。除運用高活絡度的實驗菌外，選用專注性很強的挑選技能也可檢出新的抗生素。首要是運用與抗生素作用機制關聯的酶、酶抑制劑、激活劑、抗體等樹立來的高活絡度、專注的挑選技能。抗腫瘤藥物發作菌的別離其時抗腫瘤藥物放線菌素、阿德里亞（阿）霉素、滿霉素、長春霉素、5-尿嘧啶等已在臨床上廣泛運用，但其作用并不顯著，尋覓新的高效、低毒的抗腫瘤藥物仍是咱們尋求的目標。在臨床上有用的抗腫瘤藥物，大多數是直接作用于核酸或抑制核酸生物組成的物質。由于從微生物到人類的核酸計劃和生物組成辦法有許多共同之處，因而大多數抗腫瘤藥物也會具有抗苗或抗真菌活性。其時展開出運用微生物挑選作用于DNA的抗腫瘤藥物的辦法，具有高活絡度和簡練疾速的特征。生化誘導分析法和SOS生色檢測法均是運用這一原理來挑選抗腫瘤藥物。生化誘導分析法（BIA）是選用測定溶原性A噬菌體阻遏物分配下的建議子操控的轉錄和表達的酶活性的辦法。SOS生色檢測法是運用DNA損傷時，可活化蛋白，進而分化噬茵體的阻遏蛋白，再致使基因建議子建議基因的表達，然后抵達檢測能損傷DNA的抗腫瘤藥物的意圖。此外也能夠運用DNA修改才華驟變株進行抗腫瘤藥物的挑選。由于在生物體中都存在兩個以上的DNA修改基因，若是有一個DNA修改基因損傷或變異，一般仍能存活，但對能致使DNA損傷的化合物非常活絡，易發作逝世。酶抑制劑發作菌的別離酶抑制劑在酶催化機制、生化代謝中至關重要，直接與生理機能和病理有關，因而是重要的臨床藥物。從微生物的代謝商品中挑選酶抑制劑的原理是，若是某種化合物能在體外抑制某種要害的人體酶，它就可能在體內有藥理作用。酶抑制劑發作菌的挑選，首要挑選與生理和病理聯絡清楚的酶為靶酶進行挑選。抗病毒藥物發作菌的別離病毒增殖是在細胞內進行的，藥劑難以抵達。運用作用于核酸的辦法挑選得到的藥物毒性高。用小平板測定由病毒致使的細胞變性作用( CPE)，也是一種有用的挑選辦法。檢測病毒復制中特有的DNA復制酶和核酸組成酶的酶抑制劑，是另一種挑選性更高的挑選辦法。成長因子發作菌的別離成長因子如氮基酸和核苷酸的發作不能作為別離中的挑選壓力，也能夠用隨機別離法進行初篩，然后經過進一步的檢測得到發作菌。其辦法首要是經過查詢別離菌能否推進養分缺點型菌株的成長，來檢出成長因子發作菌。本文參考《發酵工程原理與技術》一書。