石油蛋白是第一代的單細胞蛋白也稱正烷烴蛋白。由于正烷烴蛋白精制復雜，殘留物不易清洗，盡管有些產品沒有殘留，也做過長期動物飼養，但致癌的苯并芘等，仍然使人擔心，還有其它社會、政治、經濟等原因，限制了石油蛋白的發展。自從合成法甲醇、乙醇大量生產后，逐漸發展了甲醇和乙醇蛋白，因為乙醇、甲醇溶于水，可以從天然氣、石油化工廠裂解尾氣及煤灰中廉價地制取，每2t甲醇即可生產1t甲醇蛋白粉。目前世界上產甲醇已達每年1000萬t，而正烷烴則為200萬t，人們都稱甲醇蛋白為第二代單細胞蛋白。通過飼養試驗證明，甲醇蛋白作為動物飼料，具有很高的營養價值，它除了含有大量的蛋白質、氨基酸的組成也比較平衡外，還含有豐富的B族維生素。甲醇利用性微生物的分離方法，以富集培養較多，即以含有無機鹽、維生素的液體合成培養基，添加1%左右的甲醇。然后接入分離的樣品，于30-38℃培養1-7日，重復如此培養5-6次，最后從純化的平板上分離。分離的樣品以選擇土壤的機會較大。如在合成培養基上另添加維生素B12時，甲醇醇母被分離出的頻率較高。甲醇利用性微生物的培養，除甲醇作為碳源外，與一般微生物一樣，尚需添加銨鹽、磷酸鹽、各種金屬及維生素、氨蛙酸或酵母抽提物等生長因子。甲醇利用性微生物對生長因子的要求：例如，Kloeckera要求硫胺索，Candida及Saccharomyces要求生物素；Torulopsis要求硫胺索及生物素。而Pseudomonas等不需提供生長因子，只要在甲醇及無機鹽的簡單培養基上即可生長。培養溫度：以甲醇為碳源培養時，酵母培養最適溫度以30℃較多。以甲醇為惟一碳源的細菌菌株，以38-42℃為多，還有要求50℃以上的高溫菌種。
　　甲醇濃度：一般而言甲醇對微生物有害，雖是能利用甲醇的微生物，濃度過高也會阻礙生長，一般酵母在0.2%-3.2%較適宜，而以0.2%的增殖速度最大。Haggstrom認為甲醇利用細菌以1-2ml/L的甲醇濃度，倍增時間最短，約1.32 h。由于甲醇濃度不能太高，當大規模培養時，可采用自動控制設備來維持最適濃度的甲醇，常用的辦法有：溶解氧(DO)信號的流加法  依據Monod的生長式，當Ks值較小時，培養基中基質完全耗盡，同時酶的消費中斷，其結果培養系統供氧太多，DO急升，此時溶解氧信號迅速推動基質流加。一般甲醇利用菌對甲醇消費的DO信號是敏感的，有些菌的高濃度菌體對25 mg/L以上的甲醇有感應，而對10 mg/L無感應，于是可以此濃度進行DO信號控制。此法的缺點是由于基質屢呈饑餓狀，尤以高濃度菌體為然，甲醇的添加次數頻繁，微生物的正常代謝受到干擾。依pH恒定器的流加法：調節甲醇與氨混合液的C/N比率后，此混合液既可用以調節pH，同時又可供給甲醇。有一菌用甲醇（純度99%）與氨(29%)的比率為100：23 (V/V)的混合液來控制pH值。不同菌和不同條件可以調節甲醇與氨的混合比率。本文參考《發酵微生物學》一書。