目前發(fā)酵產(chǎn)物繁多，按其性質(zhì)區(qū)分，一般分為微生物菌體、代謝產(chǎn)物和酶。（一）微生物菌體利用微生物菌體有多種方式。一是作為動物飼料添加劑，如單細胞蛋白；二是用于生物防治的微生物殺蟲劑，如蘇云金桿菌、白僵菌、多角體病毒等；三是進行特異性的生物轉(zhuǎn)化，如某些微生物具有某種酶，能對底物某一特定位置進行羥基化、脫氫等化學(xué)反應(yīng)，使底物轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪晃镔|(zhì)，這類反應(yīng)主要用于甾體藥物的生產(chǎn)；四是食用和菌用，如各種蘑菇。（二）代謝產(chǎn)物有初級代謝產(chǎn)物和次級代謝產(chǎn)物。這是根據(jù)代謝物與產(chǎn)生菌生長的關(guān)系區(qū)分的兩類產(chǎn)物的主要區(qū)別有以下6點：
　　1．功能：初級代謝也稱主流代謝，它的產(chǎn)物主要是氨基酸、核苷酸、維生素和各種有機酸等的小分子化合物，主要作為構(gòu)成大分子的原材料或轉(zhuǎn)成輔酶。次級代謝產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)一般比較復(fù)雜，對微生物的 生存、生長、繁殖不是必需的，但在自然環(huán)境中對產(chǎn)生菌的存活還是有益的。
　　2．合成途徑：初級代謝途徑在各類生物中基本相同，包括主要的碳、氮代謝途徑的主要過程基本清楚。次級代謝來自多種合成途徑，往往以初級代謝形成的前體經(jīng)過聚合、修飾而形成。
　　3．合成時期：初生代謝產(chǎn)物在營養(yǎng)期形成，而次生代謝產(chǎn)物是在菌體生長已達臨界最高值之后才開始，在分化期（合成期）大最合成。
　　4．遺傳控制：兩者雖都受核內(nèi)DNA的控制，但質(zhì)粒對多種次級代謝產(chǎn)物的合成起著重要作用，控制其全部或部分中間產(chǎn)物或部分結(jié)構(gòu)的合成。
　　5．合成的專一性：初級代謝產(chǎn)物是普遍存在的，各類微生物都能生成，只是產(chǎn)率不同，但其酶反應(yīng)有高度的專一性，一般只能與一種底物反應(yīng)生成一種產(chǎn)物。而次級代謝產(chǎn)物的合成則明顯具有種、屬的 特異性，往往只局限于某些種內(nèi)，但產(chǎn)物往往以一族化合物形式出現(xiàn)，這表明其分子結(jié)構(gòu)的專一性不強。
　　6．合成的條件：初級代謝產(chǎn)物的形成一般只需簡單的營養(yǎng)條件，并在各種生長條件下都能形成。次級代謝產(chǎn)物則需復(fù)雜的營養(yǎng)條件，往往需要供給營養(yǎng)成分復(fù)雜的天然物質(zhì)，并在一些特定培養(yǎng)條件下才能形成，尤其是過量生產(chǎn)。（三）酶微生物能合成種類繁多的酶，有相當(dāng)多的酶類適于工業(yè)生產(chǎn)，如淀粉酶、蛋白酶、葡萄糖異構(gòu)酶等。本文參考《發(fā)酵微生物學(xué)》一書。